A Konami incluiu bônus em Metal Gear Solid V: Ground Zeroes para encorajar os fãs a comprar este prólogo de Metal Gear Solid V: The Phantom Pain. O primeiro e o mais relevante destes bônus é um DLC exclusivo para MGSV: The Phantom Pain, que será incluído apenas nas primeiras unidades a chegar às lojas e por um período limitado na versão digital.
Em adição, os conteúdos desbloqueados em Ground Zeroes serão transportados para The Phantom Pain. Mais específicamente, os prisioneiros e VIPs resgatados em MGS: Ground Zeroes. Eles irão aparecer desde o início na Mother Base de The Phantom Pain. A Mother Base tem um papel central na história de The Phantom Pain e será introduzida já em Ground Zeroes, que tem lançamento previsto para 20 de Março.