O lançamento de Resident Evil: The Mercenaries 3D para o Nintendo 3DS veio envolto na polêmica do bloqueio das gravações do jogo.Diversos jogos gravam os conteúdos de progresso no próprio cartão do jogo, mas Resident Evil: The Mercenaries 3D não permite apagar essas mesmas gravações, prejudicando o negócio dos jogos usados.
Sobre este assunto a Capcom respondeu por intermédio de Christian Svensson, no blog Capcom Unity, afirmando que, "Acho que seria justo dizer que nunca houve uma intenção maliciosa como querem fazer transparecer as teorias de conspiração. Também acho que seja justo dizer, que sobre a controvérsia gerada, nunca mais iremos ver algo como isto acontecer".