A história de Golden Abyss se passa em algum lugar da América Central, antes do primeiro jogo. O jogador irá investigar o massacre de uma expedição espanhola há 400 anos, seguindo a trilha que leva a uma seita secreta, enquanto é testemunha da rivalidade entre Jason Dante, seu antigo amigo, e Marisa Chase, neta de um arqueólogo desaparecido.
