A Nintendo descobriu a existência de um erro grave em The Legend of Zelda: Skyward Sword que impede o progresso dos jogadores no jogo. O erro só acontece se uma série de eventos, que aontecem perto do final do jogo, acontecerem de uma maneira específica.
A quest "Song of the Hero" é onde o erro tem origem, e pede aos jogadores para revisitarem três localizações. O erro só acontece se vocês visitarem primeiro o "Lanaryu Desert", falarem com o personagem "Golo the Goron" antes de receberem a música "Thunder Dragon" e depois disto, falarem com o personagem novamente.
Se vocês fizerem isso, vocês têm somente duas opções: começar o jogo de novo ou carregar um save anterior. Aparentemente, a Nintendo não tem qualquer intenção de lançar uma atualização para o jogo, embora o feedback dos jogadores esteja sendo documentado.