Risen 2: Dark Waters se passa muitos anos após os eventos do primeiro Risen. Com o passar dos anos, o seu “Herói sem nome” acabou abandonando as criaturas míticas das montanhas por sessões de bebedeira. Tudo ia absolutamente “bem”, até o momento em que monstros marinhos começaram a dividir embarcações ao meio. De fato, uma boa parte do início da aventura consiste em descobrir o que poderia causar tais calamidades.