Segundo a Rocksteady, os jogadores ainda não descobriram todos os segredos incluídos em Batman: Arkham City, A Rocksteadyrevelou que ainda existem 3 ou 4 segredos não descobertos no jogo, e que um deles esteve em uma das primeiras demonstrações.
Embora ainda existam segredos a se descobrir, a Rocksteady confessa que esperava que alguns segredos nunca fossem descobertos, como é o caso do código do Scarecrow, algo que foi descoberto dois dias depois do lançamento.