Uma das coisas mais inexplicáveis e que deixou muitos jogadores desanimados em Star Fox 64 3D foi a total inexistência do Modo Online. Em uma entrevista com a Revista Oficial Nintendo, Yusuke Amano, responsável pela coordenação da produção entre a Q-Games e Nintendo, explicou a razão porque o Modo Online não foi incluído.
"Pessoalmente, eu jogo muitos FPS online. Isto me leva a pensar que tornar partes multiplayer jogáveis online em jogos existentes, não é suficiente para criar uma experiência gratificante para os jogadores," disse Amano. "Se quisessemos satisfazer todos os que compraram o jogo, os custos necessários para o suporte online seriam grandes."
O custo não foi o único obstáculo, o tempo também não permitiu a inclusão do Modo Online. "Para este projeto, o que precisávamos fazer era usar Star Fox para mostrar aos jogadores o apelo do Nintendo 3DS o mais rápido possível. Houve um grande esforço nos gráficos, se tivéssemos incluído suporte para o Modo Online não teria sido possível atingir este nível no tempo permitido.