O ano é 1975, a era do détente. O conflito do Vietnam está chegando
ao fim. Contudo, enquanto a tensão entre as superpotências gigantes do
mundo amenizava, uma pequena força militar silenciosamente se enraizou
no Caribe. Trata-se de um novo modelo de militares - um exército sem
nação ou terra para chamar de lar.
Conduzida por um homem enigmático conhecido como "Snake", o grupo
clandestino operava nas sombras como mercenários de elite, prestando
serviços a diversos governos ao redor do mundo. A medida que sua
reputação crescia, seu financiamento e poderio militar também expandiam.
Eventualmente começaram a se espalhar boatos de que o grupo havia
obtido armas nucleares. A perspectiva alarmante de uma força militar
equipada de armamentos nucleares existente além dos limites do NPT
(Nuclear Proliferation Treaty/Tratado de Não Proliferação Nuclear), e
sem um governo formal, imediatamente se fez uma inspeção nuclear pela
AIEA.
Ao mesmo tempo, Snake também recebeu a notícia de que "Paz", uma
espiã que já havia se infiltrado na base principal de seu exército
estava viva e sendo interrogada em uma base naval dos EUA no extremo sul
de Cuba.
A base abrigava uma prisão - um local que poderia operar fora das
leis de Cuba e dos Estados Unidos, onde formas extremas de
interrogatório foram sancionadas. Ao saber da situação, Chico, um jovem
voluntário no exército de Snake e que tinha sentimentos por Paz, tomou
como dever resgatá-la.
Não demorou muito até que Snake recebesse uma chamada de socorro de Chico, revelando que ele também havia sido capturado. Com poucas opções, Snake embarca em uma missão secreta para recuperar tanto Paz quanto Chico de Cuba, enquanto a base principal se prepara para receber a inspeção nuclear.
Mal sabia Snake que esta decisão desencadearia uma série de eventos trágicos que mudaria para sempre o seu destino...