Diferente de Metal Gear Solid V: Ground Zeroes, The Phantom Pain terá
luta contra chefes, segundo o próprio Hideo Kojima confirmou. "Em The Phantom Pain você terá muitas missões onde haverá um chefe no final dela,"
explicou Kojima. Mas como não se trata de um jogo linear, você não
precisa passar por partes especificas para progredir no jogo. Se você
terá ou não que lutar contra o chefe dependerá do caminho que você
decidir tomar.
Enquanto as missões de Ground Zeroes não tem nenhum chefe, certas missões em The Phantom Pain terão chefes no meio ou no final. Na mesma entrevista, Kojima disse que originalmente queria que Metal Gear Solid V fosse um jogo de lançamento de PS4 e Xbox One, mas por The Phantom Pain ser um jogo tão grande, ele não teve tempo de completar o desenvolvimento do jogo.
Quando perguntando sobre o seu envolvimento nos futuros jogos da série
Metal Gear e porque ele sempre volta a os desenvolver, Kojima disse que seu
amigo chama isso de 'síndrome de Miyazaki', porque ele sempre diz que
será a sua última animação. Kojima também disse que ele talvez continue
como produtor, mas essa será a última vez que ele estará tão envolvido
(ele é responsável por cerca de 80% do jogo, lembrando: ele também já disse isso).